Вереск, Вы точно уверены, что именно самец расклевал яичко?
У меня была (да и сейчас, собсно, есть, просто у родителей остались) куча канареек. Куча из-за того, что постоянно кто-нить насиживыл яички. Так вот, я никогда не сталкивалась с таким фактом, чтобы именно самец делал такие вещи.

Со случаями, когда самочка выбрасывала яички из гнезда, встречалась. Причем, при просмотре выброшенных яичек очень часто оказывалось, что это были "болтуны". Иногда самец не проявлял интереса к насиживающей самочке. Впрочем, часто попадаются самцы, которые сменяют самку на гнезде и дают ей возможность полетать, покупаться и поесть. В одиночку самочке довольно трудно выкармливать маленьких, особенно, если их больше двух.
Если самец кормит самочку на гнезде, значит с родительским инстинктом у него все нормально. Пстарайтесь в следующее гнездовье просто внимательно за ними проследить. Да, и недели за две до насиживания начните более обильно подкармливать крутым яйцом, может быть недостаток в белковой пищи повлиял на такое поведение? А еще усильте минеральную подкормку. Если не хватает минералов, тоже могут расклевать яичко.